| 1950年（昭25） | 戦後の混乱期に崩壊した農作物優良品種の種苗の生産・流通を確立するために、その元となる原原種生産事業を担当する北海道立農業試験場原原種農場として設置されました。 |
| 1952年（昭27） | 新優良品種の早期普及促進のため、有望系統の予備増殖事業を開始しました。 |
| 1964年（昭39） | 道立原原種農場を廃止し、道立中央農試原原種農場と改称されました。 |
| 1986年（昭61） | 道立中央農試原原種農場が改組・改称され、道立植物遺伝資源センターが設置されました。従来の種子生産とともに、品種改良の基礎となる植物遺伝資源の収集・保存の中核機関となりました。 |
| 1987年（昭62） | 道立農試の研究基本計画に基づき、植物遺伝資源に関する研究を開始しました。 |
| 1988年（昭63） | 遺伝資源種子貯蔵管理施設が建設されました。 |
| 1991年（平 3） | 原原種生産の民間移行計画に基づき、豆類の一部から民間移行を開始しました。 |
| 1992年（平 4） | 道立農試の再編整備により研究部長が置かれ、資源第一科は資源利用科、資源第二科は資源貯蔵科と改称されました。 |
| 1995年（平 7） | 道立農試の研究基本計画で位置づけられた遺伝資源に関する研究分野に当面の課題が揃いました。また、水稲の原原種生産の民間委託がなされたことで、一連の原原種生産の民間移行が完了しました。 |
| 1996年（平 8） | 種子備蓄施設が建設されました。 |
1998年（平10）
| 難採種遺伝資源増殖施設が建設されました。 |
| 2006年（平18） | 道立植物遺伝資源センターを道立中央農業試験場に統合し、これまで植物遺伝資源センターが担ってきた主な業務を引き継いで、道立中央農業試験場遺伝資源部となりました。 |
| 2010年（平22） | 22の道立試験研究機関を統合した地方独立行政法人「北海道立総合研究機構（道総研）」の創設に伴い、旧道立農業試験場は農業研究本部及び8場1支場体制となり、当部は道総研中央農業試験場遺伝資源部となりました。 |
| 2020年（令2） | 北海道産業貢献賞（農業関係功労者）を受賞しました。
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