函館水産試験場は渡島、檜山地方海域の調査研究を担当しています。
この地域は海岸線延長が約610メートルで噴火湾、津軽海峡及び日本海に面しており、異なる海況・漁況を呈しています。
また、函館水産試験場の試験調査船金星丸は渡島・檜山・後志・胆振・日高地方の総海岸線延長約1,300キロメートルでイカ、スケトウダラなどの資源調査と海洋観測などを行っています。