湖沼のワカサギやシジミ、河川のカワヤツメなどを対象とする内水面漁業、ニジマスなどを対象とする内水面養殖業の振興を目的として、これらの有用な漁業生物を対象とした生物学的情報の蓄積、資源のモニタリングと資源管理・増殖手法の技術開発や指導、養殖経営の安定化や魚病防除に関する調査研究に取り組んでいます。
また、漁業生物だけではなく、河川や湖沼湿地の生物多様性の維持を目的として、そこに生息する魚介類全般の保護育成を図るために、水域の環境調査や外来魚駆除技術の開発、希少種の保全に関する調査研究を実施しています。