水産研究本部
- 水産研究本部
- 総務部
- 企画調整部
- 企画課
- 試験研究の企画調整（内水面を含む）
- 試験研究の情報収集、広報、出版物の発行
中央水産試験場
- 中央水産試験場
- 資源管理部
- 資源管理グループ
- カレイ類、エビ類など管理対象資源の診断、 評価、資源管理技術の開発に関する試験研究。
- スケトウダラ、スルメイカなど広域的な回遊資源の 変動予測技術及び漁場形成の要因に関する試験研究。
- 資源と漁業生産技術の関連、 資源有効利用のための適正漁具、漁法に関する試験研究。
- 海洋環境グループ
- 本道周辺海域の物理的海洋環境 （水温、塩分、水塊構造、流れ）の調査研究。
- 本道周辺海域の低次生産力 （栄養塩、クロロフィルa、動植物プランクトン） の調査研究。
- 資源増殖部
- 資源増殖グループ
- ヒラメ、ニシンなどの魚類資源の栽培技術に関する試験研究。
- 岩礁域の水産資源の維持・増大に関する試験研究。
- 海産魚介類（ヒラメ、マツカワ、ウニ等）の病気に関する試験研究。
- 水産工学グループ
- 漁場・増養殖場の整備・改良に関する試験研究。
- 物理環境と水産生物の関係解明に関する試験研究。
- 加工利用部
- 加工利用グループ
- 水産加工技術開発（キタムラサキウニ、餌料など） に関する試験研究。
- 水産利用技術開発（ホッケ、マダラ、未利用水産物など） に関する試験研究。
- 水産物の安定供給（ホタテ貝毒、有害物質、有害重金属など） に関する試験研究。
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