猿骨沼（サルコツヌマ）は、猿払村の北部、猿骨川河口付近に位置する海跡湖である。今は別々に海に注いでいる2本の川（猿払川と猿骨川）が、昔は砂丘を流れて合流していた時代がある。猿骨はアイヌ語の「サㇻエウコッ」に由来し、ヨシ原（川）が・そこで・くっついている（合流している）の意との説がある^[1]。また、一方で、猿骨は「サル・コツ（葭原・くぼ地）」に由来するとの説もある。

猿骨沼は湖面標高3 m、湖面積0.22 km²、最大水深0.4 mの浅く小さな汽水湖である。

猿骨沼は猿骨川左岸側の三角州性低地 ^[2] に水面を有し、沼の南端で猿骨川とつながっている。海岸線から1 km程度しかなく、潮汐によって海水が沼を出入りしていると思われる。

猿骨川の流域全体を猿骨沼の集水域とみなして土地利用を集計したところ、森林が全体の7割程度を占め、農用地が約19％、荒地が約11％となった。猿骨川とその支流であるエコペ川の中・上流域のほとんどは森林である。最上流部に荒地が見られ、ササやダケカンバの自然植生やアカエゾマツの植林地などとなっている ^[3]。また、沼の周囲の荒地はヨシやハンノキなどの湿原、沼沢林である ^[3]。一方、農用地は猿骨川とエコペ川の河川沿いの低地や台地に分布しており、そのほとんどは牧草地である ^[3]。

2023年の調査は、比較的大潮に近い6月21日の潮位30～40 cm（枝幸）の上げ潮の時間帯に実施した ^[4]。この時、採水地点（St-1）の水深は0.2 mと浅かった。塩化物イオン濃度は約1万 mg/L（塩分換算で約18‰ ^[5]）とこれまでの調査で最も高く、海水の影響を比較的強く受けている状況にあった。COD濃度は6.5 mg/Lと過去の測定値に比べて低く、海水による希釈の影響と見られる。2023年のTNとTP濃度はそれぞれ0.56と0.052 mg/Lで富栄養レベルにあった。また、Chl-a濃度は3.9 μg/Lであり、過去の測定値の範囲内であった。