コムケ湖は、紋別市東部のオホーツク海沿いのシブノツナイ湖の西北西側隣りにあり、海とは狭い砂州で隔てられている。この湖は、海側の湖岸が直線的であるが、背後は入り組んだ複雑な湖岸線を示している、海跡湖である。

「コムケ」とは、「曲がっている」の意で、湖の形状の特徴からこう呼ばれたと言われている。

コムケ湖は、湖面標高0 m、最大水深5.3 m、湖面積4.84 km²、集水域面積54.55 km²の浅い汽水湖である。

流入河川は、オンネコムケナイ川、秋平川などである。流出口は1977年に作られた永久湖口で海と通じている。

集水域の土地利用は、森林が約49％、農用地が約35％を占めている。上流域には森林が多く、下流域には農用地が多くなっている。湖岸は湿地帯であり、コムケ原生花園などの自然豊かな地域である。また、キャンプ場も設置され、シーズンには多くの人が訪れる。

1977年から、浅海漁場開発事業が実施され、永久湖口の確保と、湖内漁場環境の整備が進められてきた。現在では、ホッカイシマエビやカキなどの漁獲が得られている。

コムケ湖は、最深部を有する南東側湖盆と複雑な形状をもつ北西側湖盆があるが、北西側は浅く調査が困難なため、これまで、南東側のみにて水質調査を行っている。

2022年7月の水質はTN、TPとも中〜富栄養湖レベルだった。長期的にはややTPの増加傾向が認められる。

2022年7月の水質鉛直プロファイルは水深0.7〜0.8 mに水温躍層があり、躍層より上層でやや塩分濃度が低下していた。