南部沼（ナンブトウ）は、根室市の約3 km南東の太平洋側に位置している。

南部沼は、湖面標高4 m、最大水深2.0 m、湖面積0.05 km²、集水域面積1.86 km²の小さな淡水湖である。

南部沼は、西側の後背地が40 mほどの丘陵地になっており、南側には砂浜の海岸が広がる海跡湖である。流入河川は北西方向から南部沼川が入っており、沼の南東端から河川を通じて海に流れ出る。

集水域の土地利用について、沼の周囲や流入河川沿いを中心に湿地帯などの自然地が多いが、上流部は市街地となっている。

塩化物イオン濃度は 50 mg/L以下と、海の近くにあるにもかかわらず低く、淡水湖である。特徴として、淡水湖の中でも、アルカリ度が1 meq/L と高いことがあげられる。

TN濃度は富栄養湖のレベルであったが、TP濃度は低く、貧栄養湖のレベルであった。豊富な窒素濃度に対して、リン制限を受けているため、植物プランクトンの増殖が抑えられていると考えられる。