平成22年4月1日から、道立の22ある試験研究機関は地方独立行政法人北海道立総合研究機構としてスタートしました。
（地独）北海道立総合研究機構の組織は、法人本部と6つの研究本部から構成されます。
この中で水産研究本部は、海面の分野を研究する北海道立水産試験場6場と、内水面の分野を研究する水産孵化場（このたび、「さけます・内水面水産試験場」に改称）が移行しました。
新体制での主な業務は、試験研究や調査、技術開発、技術支援など、基本的にはこれまでと同様変わりませんが、総合力や機動力をさらに発揮し、地域を支える漁業の振興、水産物の安全性確保と高度利用の推進、自然との共生を目指した水産業の振興を3つの柱とし、水産業が抱える様々な問題や課題解決のため、多方面にわたる試験研究に取り組み、各地域のニーズにしっかりと応える組織となるよう努めていきます。