社会経済情勢の急激な変動や、道民ニーズの複雑化・多様化など、道立試験研究機関を取り巻く状況が大きく変化してきており、これまで以上に道民ニーズに的確、且つ、迅速に対応し、横断的で効果的な研究開発や技術支援を展開していくため、平成22年4月1日から、道立の22ある試験研究機関は地方独立行政法人北海道立総合研究機構としてスタートしました。

  （地独）北海道立総合研究機構の組織は別図のとおり、法人本部と6つの研究本部から構成されます。
  この中で水産研究本部は、主に海域における研究を行うこれまでの北海道立水産試験場6場と、さけますと内水面に関する研究を行う北海道立水産孵化場の7機関で構成されています。なお、水産孵化場は、さけます・内水面水産試験場に改称されました。
　新体制での主な業務は、試験研究や調査、技術開発、技術支援など、基本的にはこれまでと同様ですが、総合力や機動力をさらに発揮し、地域を支える漁業の振興、水産物の安全性確保と高度利用の推進、自然との共生を目指した水産業の振興を3つの柱とし、水産業が抱える様々な問題や課題の解決のため、多方面にわたる試験研究に取り組み、各地域のニーズにしっかりと応える組織となるよう努めてまいります。