環境保全部では、「北海道の大気、森、川、海を守り活かす」を目指し、安全・安心で豊かな環境を保全するための調査研究を推進しています。「水環境保全グループ」は、「健全な水循環の確保」と「気候変動対策」を柱に、流域単位で環境のあり方を考えながら、水環境の保全と流域産業の両立を目指した研究に取り組んでいます。気候変動対策では、降雪・積雪の変化や暑熱の影響について、科学的根拠に基づいた情報発信を行うとともに、将来予測を含めた気象関連情報の整備にも力を入れています。「リスク管理グループ」は、大気汚染物質や化学物質が人の健康や生態系に与える影響を調査し、環境リスクの実態把握や低減手法の研究開発に取り組んでいます。