法人の運営を行う法人本部と研究を行う５つの研究本部・21の試験研究機関の組織体制です。

【法人本部】

札幌市北区北19条西11丁目 北海道総合研究プラザ

• 理事長 
  • 理事（経営管理担当、研究推進担当、 連携推進担当）
    • 経営管理部
      • 企画・広報室
    • 研究推進部
  • 監事

※　研究本部を設置している機関です

【農業研究本部】　

• 中央農業試験場：夕張郡長沼町東6線北15号　※
• 上川農業試験場：上川郡比布町南1線5号
• 道南農業試験場：北斗市本町680番地
• 十勝農業試験場：河西郡芽室町新生南9線2番地
• 北見農業試験場：常呂郡訓子府町字弥生52
• 酪農試験場（旧：根釧農業試験場）：標津郡中標津町旭ヶ丘7番地
• 畜産試験場：上川郡新得町字新得西5線39番地1
• 花・野菜技術センター：滝川市東滝川735番地

【水産研究本部】

• 中央水産試験場 ：余市郡余市町浜中町238番地　※
• 函館水産試験場 ：函館市弁天町20番5号 函館市国際水産・海洋総合研究センター内
• 釧路水産試験場 ：釧路市仲浜町4番25号
• 網走水産試験場 ：網走市鱒浦1丁目1番1号
• 稚内水産試験場 ：稚内市末広4丁目5番15号
• 栽培水産試験場 ：室蘭市舟見町1丁目156番3号
• さけます・内水面水産試験場 ：恵庭市北柏木町3丁目373番地

• 林業試験場 ：美唄市光珠内町東山　※
• 林産試験場 ：旭川市西神楽1線10号

【産業技術環境研究本部】

• 工業試験場 ：札幌市北区北19条西11丁目　※
• 食品加工研究センター ：江別市文京台緑町589番地4
• エネルギー・環境・地質研究所 ：札幌市北区北19条西12丁目

【建築研究本部】

• 建築研究本部：旭川市緑が丘東1条3丁目1番20号　※